Это умно. Все сачтут за несчастный случай, а на деле - хорошо распланированые действия. Я думаю, что помимо Наоко он хотел убрать и Рей-1, так как:
1)Наоко начала что-то подозревать, везде лезть и мнго спрашивать
2)Рей начала становиться обычным ребёнком, а не его (Гендо) марионеткой. Вот он и убивает двух зайцев. Подсылает Рей к Наоко, Рей её доводит и она со злости её убивает, а потом от шока Наоко кончает с собой.
Правда если присмотреться, то я кое-что заметил (Знаю, может оффтоп, но темы про смерть Наоко Акаги я не нашёл):
1)Необычное положение тела. Это видно из того как расположены руки и правая (от нас) нога. Посмотрите скин.
2)Падать с такой вытоты и попасть серединой головы точно на край Бальтазара - это каким первокласным снайпером надо быть.
3)Лично моя версия такая: Наоко испугалась, что задушила Рей и с испугу попятилась назад и перекувыркнулась через клавиатуры. Результа - расшибленная голова.