Я тоже думал о том, почему YOU ARE (NOT) ALONE, а не YOU ARE NOT ALONE или YOU ARE ALONE.
И у меня на этот счет 2 теории (считаю, что эти скобки там стоят для донесения определенного смысла):
1) Фраза адресована Синдзи и означает YOU WAS ALONE, BUT BECOMING NOT ALONE, так как он в ребилде судя по всему эволюционирует из тряпки, чего не было в сериале.
2) Фраза адресована фанатам: типа вот 10 лет прошло с выхода ЕоЕ, а вот он ребилд и YOU ARE NOT ALONE AGAIN!!!
С YOU CAN (NOT) ADVANCE, полагаю, то же самое.
Вот таковы мои догадки.