По мне, Синдзи так поступил, потому как в душе он хороший парень. Да и вряд ли на людей ему искренне плевать. Конечно, дорожить неким абстрактным понятием, как "человечество", к которому ни тепла, ни привязанности не испытываешь - трудно. Любовь и сострадание к людям, у многих проявляется именно через близких, через личный опыт (как в случае с раненной Рей). Что и послужило тем первым толчком, как мне хочется верить.