Пен-пен, мне кажется, олицетворяет собой главную мысль всей философии НГЕ: Что бы там не творилось, есть на свете те, кому на все это плевать. Пен-пен, появлясь в кадре, наблюдает все происходящее, эмоционально реагирует, но продолжает жить своей простой пингвиньей жизнью. Он всегда в прекрасном настроении, лишь бы его кормили и не занимали по утрам туалет. Пен-пен по-настоящему важен только для Мисато, он ее спасение от одиночества. Однако, Пен-пен прекрасно понимает, что он не может предоставить Мисато общение в полной мере, поэтому он дистанцируется от нее в холодильнике, и Мисато приходится переключаться на других людей.
Пен-пен и Арбузы - сходные по функции персонажи. Подчеркивается противоположность: эмоциональный вампиризм Мисато и донорство Кадзи. Конечно, Пен-пен существенно умнее Арбузов и способен нести ответственность. Однако, он уклоняется от нее. Не исключено, что если бы Арбузы умели бегать, они бы сбежали от Кадзи. Этот вопрос открыт.
Отношения Пен-пена с другими персонажами можно описать как напряженные. Несмотря на то, что почти никто не уделяет ему внимания, сам Пен-пен не раз усложнял жизнь Синдзи и Аске, появляясь в самые неподходящие моменты.
Пен-пен - пингвин, а пингвины чувствуют себя наиболее комфортно в больших колониях. Возможно, Пен-пен несчастен. Но он не обращает на это внимания, вероятно, из-за некой психической паталогии. На лицо его стремление к уединению. Возможно, он познал смысл своей жизни и понял, что в ней особого смысла нет. Действительно, со стороны так и выглядит. Две вещи не дают Пен-пену совершить суицид: одинокая Мисато и вкусная рыба.
Все таки, Пен-пен, возможно, тайный агент МИ-5. Этот вопрос открыт.