Вот серия 21, "Рождение NERV" называется. 
Самое начало - Кадзи звонит по телефону Мисато. 
 
Голос Мисато на автоответчике: "Привет, сейчас меня нет дома. Оставьте свое сообщение после сигнала." 
Что Кадзи говорит по телефону, нам пока не рассказывают 
После Кадзи смотрит на пропуск NERV и мы слышим его слова: "Это может стать моим последним заданием. 
Выглядит как кровь." 
Что это за задание, нам становится ясно в следующем моменте - 
 
За Мисато, когда она занимается своей работой сидя за своим рабочим местом, приходят двое агентов. 
Мисато (удивленно): Заместителя командующего похитили? 
Агент: Два часа назад. В последний раз его видели в 8-ом округе. 
Мисато: Но это же в пределах нашей базы ... Что происходит в службе безопасности? 
Агент: Все было проделано кем-то из нашей структуры, это оказалось для нас полной неожиданностью. 
Мисато: Кто-то смог перехетрить секцию два? Неужели это он? 
Агент: Мы полагаем, что организатор похищение Рёдзи Кадзи. 
Мисато: И поэтому вы пришли за мной? 
Агент: Мы полагаем, что вы можете нам помочь. Мы ваши коллеги и нам жаль, что приходится подозревать руководителя отдела планирования. Но это наша работа. 
Мисато: Учитывая наши с ним отношения - это естественная реакция. 
Агент: Благодарим за сотрудничество. Уведите ее. 
Что мы можем отсюда пока вывести? 
Кадзи позвонил Мисато до того, как пошел на дело. Служба безопасности NERV-а почти сразу же, после похищения Фуюцуке, определила что он здесь замешан. По истечению двух часов после похищения они направились к Мисато, подозревая ее как соучастницу. Самое главное(!) - с момента как мы видели звонящего на автооответчик к Мисато Кадзи и до момента как за ней пришли агенты - Мисато с Кадзи не встречались. Ведь Кадзи ей позвонил непосредственно перед тем, как выполнить свое задание. А к моменту как он освобождает профессора Фуюцуке - он все еще живой. Если бы он освободил Фуюцуке до того момента, как агенты службы безопасности пришли к Мисато, они бы не говорили  ей про то, что Фуюцуке похищен и про то что последний раз его видели в 8-ом округе, либо вообще не пришли бы за ней и не посадили бы в камеру. 
Далее -  
 
Кадзи освобождает Фуюцуке. 
Фуюцуке: А, это ты ... 
Кадзи: Да. Кажется я вовремя. Охрана спит. 
Фуюцуке: Твои действия могут привести тебя к смерти. 
Кадзи: Все чего я хочу - узнать правду. Понять, что происходит. 
Куда может сразу же после своего освобождения отправиться такой, без сомнения, рассудительный и благоразумный человек, как профессор Фуюцуке? Уж не домой, чтобы душ принять. Конечно же в NERV, показаться-отчитаться-рассказать что и как было.  
Следующий эпизод - 
 
В камере у Мисато открывается дверь. Агент возвращает ей ее табельное оружие и пропуск. 
Агент: Спасибо за ваше сотрудничество. 
Мисато: Все закончилось?  
Агент: Да, проблема была решена. 
Мисато: Где он? 
Агент: Вам сообщат. 
Мисато из-за чего посадили в камеру? Из-за подозрений  в сговоре с Кадзи и в соучастии в похищении Фуюцуке. Вот она спрашивает -"Все закончилось?", а ей - "Проблема была решена". Стало быть Фуюцуке уже вернулся и с Кадзи уже разобрались. Подозрения же в соучастии Мисато к этому делу не подтвердились. 
Иначе, зачем тогда ее выпускать и отдавать ей пистолет?  
Заранее предполагаю, что сейчас может начаться - 
"Да это ей специально пистолет вернули. А потом приказали убить Кадзи. Типа чтобы она доказала, 
что верна NERV-у и не состоит в сговоре с Кадзи." 
Гендо, конечно, суровый человек. И наверняка в NERV-е все сотрудники почитают порядок и дисциплину. 
Но ведь не доходят же они там до такой жести и не устраивают проверки, как "воры в законе" ГУЛАГ-овских времен. Мисато ведь сама прямым и не очень текстом говорила про то, что любит Кадзи. Теперь представьте, что девушке приказывают убить ее любимого парня. И как вероятность того что она это сделает? Что у нее в самый последний момент рука не дрогнет? Что она вообще на такое согласится? 
Гендо же расчетливый тип. Зачем ему так рисковать? Смысл? 
Мисато как талантливый стратег и тактик еще может пригодиться, ангелы ведь еще не все побеждены. 
Зачем ее натравливать, вынуждая на какие-то другие возможные побочные действия?  
Она и так верна NERV-у и уже не раз это доказывала. Проверять это, смысла нет. 
А вот сама эта злополучная сцена - 
 
"О, привет. Ты немного поздно." 
О чем говорят эти слова? Это не был случайный человек. Кадзи ждал своего убийцу. 
Встреча была назначена заранее. Иначе зачем Кадзи говорить ему о том, что он опаздывает? 
Вообще, если кому интересно, могу ради прикола предложить видео со звуком выстрела из табельного оружия Мисато HK USP 40 S&W. Можете сравнить его с тем, который прозвучал в этом моменте. 
Ну и наконец - 
Мисато приходит к себе домой и замечает что на телефоне мигает красный огонек - есть непрослушанное сообщение. Скорее всего, ей уже сообщили о том "где Кадзи". Но мало ли ... Надежда ведь всегда умирает последней. Она нажимает на кнопку  
 
и голос Кадзи говорит ей - 
"Кацураги это я. Я уверен, что ты прослушаешь это сообщение. Особенно, после того, как я доставил тебе столько проблем. Извини. Передай мои извинения и Рицуко тоже. Да, еще одна вещь - я выращивал арбузы, был бы очень признателен, если бы ты поливала их хоть иногда вместо меня. Синдзи знает где они. 
Кацураги, истина рядом. Не сомневайся, иди вперед. Если я вдруг увижу тебя снова, я скажу слова, которые не смог сказать 8-мь лет назад. Пока." 
Женский голос на автооответчике - "Сообщение было записано в 12:02" 
Теперь Мисато поняла, что Кадзи она уже больше никогда не увидит. 
Итак - 
Кадзи заранее договорился встретиться с тем, кто в него стрелял так? Так. 
Когда он позвонил Мисато, извинился перед ней и просил поливать арбузы, он с ней прощался? Так? Так. 
Если бы он заранее договорился с ней о встрече, зачем ему было бы тогда с ней перед этим прощаться и обещать сказать "те самые слова"? 
На момент его убийства Мисато где находилась? В камере. Ее потом почему выпустили? Потому что "проблема была решена". Проблема была в ком? В Кадзи.