Всё на самом деле просто. Каору - нейтрал, но пробуждается, допустим, только когда все SEELE* умерли. Ну или ещё как-нибудь. Главное, что он получает силу не сразу, а как в сериале - на последних эпизодах. Для упрощения - сделайте так, что бы спящий Ангел считался за обычного NERV, а убитый показывался бы именно, как Каору. Баланс в этом случае не нарушается, так как маньяк появляется не сразу, а после падения одной из группировок.
* Или просто - при смерти всех SEELE, либо всех JSSDF, либо Гендо+Фуюцке+Рицко.