Опять таки некорректная аналогия. В момент выбора в сериале Синдзи прекрасно осознавал кто такой Каору на самом деле и что будет, если тот останется жив. При этом и сам Каору об этом ему прямо говорит в той сцене. Из-за осознавания сложившейся ситуации Синдзи и медлит прежде чем лишить близкого ему человека жизни.
В Ребилде же, Синдзи не знает и не осознает возможные последствия его действий, ибо ему банально никто об этом не говорил. Ему не говорили, что нельзя превышать некий уровень синхронизации. Ему не говорили, что в ядре Евы не должно находится больше одной души пилота. Ему никто не говорил, что это все может обернуться глобальными разрешениями. Единственное что он на тот момент знает так это то, что ангел сожрал Рей и намеревается убить и уничтожить еще больше людей и единственный способ остановить это и возможно спасти Рей это сесть в чертового робота и надрать ангелу задницу, задействовав все доступные для этого ресурсы. Единственная кто как-то попыталась остановить его была Рицуко. Да и то она свои "Остановись, Синдзи-кун" произнесла чисто в воздух, ибо на тот момент Синдзи её никак не мог услышать из-за отсутствия какой либо связи с ней.
Так что нет, эти сцены неравнозначны.