Ну, расплакалась Мисато уже после того, как прослушала автоответчик... Скорее всего, поняла, что они больше не встретятся, что его убили.… И если учитывать её любовь к Кадзи, то ответ напрашивается сам собой.
Хотя бытовало мнение, что это именно она убила его , так что тут уже выбор версии по желанию, но я склоняюсь к первому варианту.
Тут как в той фразе - "Сошлись два одиночества...." Ну почти сошлись