Сугубо имхо.
Никакого технологического прорыва не было, особенно в первые годы после Второго Удара. Про клонирование тоже станет почти понятно, если вспомнить, что генотип Ангела и человека совпадает более чем на 99%. Клонирование было самым обычным как в случае с овечкой, и, как тут кто-то сомневался, ЕСТЕСТВЕННЫМ. ДНК Ангела помещали в человеческую клетку, и клетка, вот радость-то, принимала новые гены! И зародыш рос. То, что суррогатная мать погибнет - при тридцатиметровом размере "дитяти", - никого не волнует (помилуйте, что такое одна человечесткая жизнь?), а вот если удасться вырастить клон после извлечения из тела человека на стадии позднего зародыша, это будет достижение! Все упирается в возможности медицины и техники, ведь никто не будет спорить, что Евы росли в каких-то резервуарах, а в их тело было вставлено множество труб. Ева же не ракета, чтобы ее азотом продувать, зачем тогда эти трубы? Не провода, а именно трубы, что по ним течет? Кстати, как раз в области медицыны очень вероятен технологический прорыв, ведь после Второго Удара были страшные бедствия, люди гибли, болели, надо было что-то срочно делать. И сделали, смогли, справились. Заодно научились скрещивать людей и Ангелов...
Непонятно, как люди научились клонировать Ангелов, в частности Адама и Лилит, но факт остается фактом: могли. И, скорее всего, это не было серьезной проблемой. И не это было основной проблемой. Главным был вопрос: надо ли? Если Комитет решал, что да, надо, клону быть, то это решение незамедлительно воплощалось в жизнь, и очень часто - успешно. Так создавались Рей, Табрис и каждая Ева. Есть мнение, что и копья лонгиния, которыми вооружили сериек, тоже как-то клонированы, но это вообще уже дикие домыслы...
На внешний вид Ев могли повлиять многие факторы. От простых ошибок и случайных увечий (одноглазая Ева - упс, не уследили за режимом "включения" группы генов, ответственных за рост второго глаза) до таких сложных вещей, как душа, помещенная в Еву, характер пилотов.
Еще помнится, Акаги говорила, что они получили очень ценный материал из тела убитого ангела. Того, который кальмар, не помню точно его имя и порядковый номер по версии SEELE. Сказала - и на этом все закончилось. Ни ангела, ни материалов, никаких изменений. Куда все делось? Неужели и правда Ангела на консервы в Россию пустили? Вряд ли. Зато в ЕоЕ, когда появились серийки, я аж обрадовался. Вот же они, бесценные результаты! Девять Ев, да еще беспилотных, да еще без переноски-удлиннителя! Правда тупые как валенки, ну да это не беда, проблемы "прошивки" псевдопилота, со временем наработается...
Кстати насчет "прошивки" и того, что Ева-02 создана только для битв. Это больше относится к пилоту, а не к Еве. Кто на что учился, в буквальном смысле. Хотя, судя по первой серии, как раз Синдзи был нужен для битв, от него ждали лучших результатов. Аску привезли попозже. Для Синдзи приготовили особую Еву, и, имхо, не зря он такой тронутый на голову. Нет ничего сулчайного ©. Наверное, так было нужно именно для того, чтобы он был лучшим бойцом: бесстрастным, безжалостным к врагу, и Ева на нем сидит как влитая...