Аску, по моему, не просто так "вывели из игры". Напомним, что по плану Гендо нужно сблизить Рей с Синдзи, а Аска является что ни на есть препятствием. При этом заражение Евы-03, скорее всего, было заранее предсказано. Из-за этого в "архив" отправили именно более совершенную Еву-02, с более подготовленным пилотом, а не простую Еву-00 с не очень "ценным" на поле боя пилотом, по сравнению с первой. Другого объяснения с таким, откровенно говоря, глупым тактическим ходом - у меня нет.