Когда пошло антиАТ-поле Син все-таки остался в своей сущности.
Комплементация шла же не сразу.
Глюки Сина, вторжение в память Мисато, бред с псевдоудушением - это начальная стадия, когда Лилит тянет к нему руки и касается его разума. В этот момент тело Сина на месте.
"Пусть все умрут!" - начинается растворение и слияние тел. Тем не менее Син до сих пор в Еве-01, точнее в капсуле, которая его защищает.
А вот когда 01-я вошла внутрь Лилит и Син увидел там веселые картинки, он вырубил свое АТ-поле и слился.
Но вот сливать души он отказался.
В итоге имеем океан киселя с душами внутри. В том числе Синовской.
Чтобы понять что стало с Аской надо понять умерла ли она. Это обсуждалось в аспектах ЕоЕ, где ДартГендо и Антимат доказали, что Аска в любом случае была мертва к моменту "сбора душ". Даже предположив невозможное, что она выжила (отключилась) после боя и после падения с XX км, поднятие Черной Луны летально. Капсула защищает от всяких там эзотерических фишек, но не от тектоническиз смещений.
А раз Аска была мертва, то лилит и ее дущу оприходовала.