Не надо читать по диагонали, уважаемый, Вы теряете суть всего высказывания.
Первое - я не утверждаю, есть она или нет, я предполагаю. Если есть - то Х, если нет - то Y.
Второе - если Рей и Синдзи могу спокойно меняться Евами, значит и резидентные души у них похожи - док-во того, что душа у 00 есть и она идентична Юй. Но тогда не понятны берсерки 00 при синхронизации с Сином, с чего бы Юй стала беситься и калечить сыночка? А вот нетушки, никакой Юй тогда нет. Или другая душа, или Ева пыталась поглотить пилотов (как было сказано Рицко ДВАЖДЫ, при берсерке с Рей и с Сином), то есть заполучить душу. Юй же, по идее, синхронизировалась с пустой Евой и оставила ей душу, хотя в этом я не уверен.
Перенастройка Паттернов - тут я попытаюсь объяснить, как лично сам понял. Пилот синхронизируется с ядром, в котором душа, да, но у каждого из пилотов есть какие-то личные особенности - уровень ментального шума, уже готовые приказы для Евы, скорее всего это и есть персональный паттерн пилота. Вот для лучшей синхронизации этот паттерн создают на синхротестах - снимают какие-то показатели души и личности пилота, иначе зачем дитЯм мариноваться в LCL и синхронизироваться с пустотой (МАГИ?), а не с Евой. А, значит, суперкомпьютер снова не участвует в управлении, есть лишь созданный компьютером паттерн. Убедил?