Дело ясное что дело темное.
При этом можно строить почти любые предположения, вплоть до участия нового героя.
Я вижу трех основных кандидатов:
А) Аску. - Она вступила в контакт с ангелом и умудрилась выжить. Ее состояние по прежнему остается неизвестным, но, более чем вероятно, далеко от сознательного.
Если отбросить все сантименты в духе "Аска должна пилотировать только Еву 0.2" и прочее, из известных действующих лиц, ее кандидатура кажется наиболее вероятной. (Пусть это вилами еще по воде писано)
Б) Тодзи. - Пилотировал Еву 0.3 в оригинальном сериале. Если допустить, что все товарищи из класса Сина потенциальные пилоты Ев, которые были отобраны институтом Мардука и этот аспект в Ребилде остался без изменений - то он вполне мог получить другой номер, для (пока еще тестовых - а не полевых) испытаний. Например Еву 0.8... В связи с чем, вакансия на третью машину оказалась свободной - и честь испытывать ее выпала Аске.
Кроме шуток. Я сейчас пытаюсь выстроить четкую линию альтернативной истории, между мирами произведений "Evangelion". Просто потому, что такая неосознанная мысль могла прийти в голову и сценаристу. Предположение не хуже прочих.
Г) Мари. - Темная лошадка, на которую ставит Кадзи, преследуя некие свои, никому неизвестные цели. В свою очередь, Мари думает, что тоже преследует некие собственные личные интересы. Любопытный тандем одним словом.
Во втором Ребилде, Мари эксплуатируют как лекарство для решения насущные проблем. Вырвался Третий Ангел? Мари прикатит на прототипе и грохнет его. Надо задержать Восьмого? Мари снимет предохранители с Евы и будет защищать Догму. При этом, ее роль до конца не ясна. Японскому командованию Нерв она не подотчетна. Мисато знает про Пятое Дитя, однако не имеет права отдавать ей приказы. Что стоит за Мари? Она с явным успехом может оказаться пилотом Евы 0.8, Евы 0.7, или дожидаться восстановления Евы 0.2. Просто ее персонаж отсутствует в оригинальном сериале, и нам не на что опираться делая предположение.
Ну и да. Не исключена вероятность нового персонажа. Точнее, не совсем нового - а одного из бывших эпизодическим участником картины. (Например Старосты, как вам такой вариант? xD) Ни одно предположение полностью исключить не возможно.
Лишь Синдзи и Рей, плавают слившись - в пробудившейся Еве 0.1.