У меня есть мнение (вытекает из предположения что Вселенная Ребилда это прямое продолжение/очередной цикл EoE) что Мари работает на Кадзи Рёдзи. Вспомним самое начало Ребилда 2.0, там явно была инсценировка уничтожения базы на Южном полюсе с целью прикрыть похищение Кадзи-саном регресировавшего до состояния эмбриона - первого ангела известного как "Адам". Базу взорвали под прикрытием унижтожения 3-го Ангела и Евы-05, Адама стырили, Кадзи смотался. Но во время полета Кадзи сказал недвусмысленную фразу: "Прости что пришлось втянуть тебя в взрослые игры, мне действительно очень стыдно". Это было, скорее всего адресовано Мари.
Потом когда она приземлилась на голову Синдзи она с кем-то говорила по рации (или мобильнику) и просила ее забрать. Мне почему-то кажется что разговор был с Кадзи, ведь не задолго до этого его перевели в штаб НЕРВ в Токио-3. Связь думаю понятна: где Кадзи там и Мари.
Наконец она явно знает больше чем другие персонажи, так она откуда-то знает коды запуска Евы-02, хотя по словам то-ли Мисато, то-ли Рицуко они есть толтко у "европейцев" (ЕвроСоюз и Россия как я понимаю), и врядли НЕРВ самостятельно имел такую возможность как активация Евы-02 без кодов. Зато Мари их имела, более того она получила новый комбинезон, хотя как она могла вообще попасть на суперсекретный и самый охраняемый в Мире объект? Ее явно туда кто-то провел... Кадзи? Он же, скорее всего, дал ей плаг-сьюит.
Наконец Мари знает про скрытые силы Евы, про контролируемый берсерк. Про это даже Мисато не знала, а она фактически руководит действиями всех пилотов Ев в НЕРВ.
Еще Мари извесно (откуда!?) про "пробуждение" Евы. Она говорит: "все таки он (Синдзи) смог". Смог пробудить "Первую"? Вот только первую кого: Еву-01 или Первую - Аянами? (первое дитя)...
Иными словами Мари знает куда больше большинства основных персонажей фильмов из цикла Ребилдов.
Надеюсь, а по спойлерам "Кульминации" (Ребилд 3.0) так и будет, нам еще покажут Мари. И раскроют тайну ее личности.
Дети избранные судьбой. В сцени был виден Каору и четыре тени, это явно - Синдзи, Аска, Рей и Мари...