НЕРВ представлял реальную угрозу - или кто-либо станет оспаривать боевой потенциал Евангелионов? И это противостояние, что произошло между JSSDF и НЕРВом, вполне можно считать войной. А на войне люди гибнут, и невинные - в том числе. Тяжело ли у них от этого было на душе или нет - судить не возьмусь. Они военные, и подчинялись приказам старшего по званию. Назвался груздем - полезай в кузов!
А как бы ты отнесся к факту, что некая организация хочет устроить ТУ - катастрофу, несравнимую даже с сотней взрывов атомных бомб, катастрофу, что коснется всех - и твоих близких тоже? Лично я бы - крайне отрицательно!
Эти люди - солдаты. Они взяли в руки оружие, что бы защищать простых людей. У них другие права, другие обязанности. Становясь профессиональным военным, ты должен принять то, что тебе придется убивать. Больше, меньше, гражданских или террористов, соотечественников или граждан иностранных государств - но убивать придется. И ты сам на это идешь, сам это принимаешь и соглашаешься с этим. Конечно, другое дело, если ты становишься военным, только для лицензии на отстрел людей, но это уже другой, не наш, случай.
И также ты готов быть к тому, что могут убить и тебя. Специфика работы, что поделать.