Дело в том, что ту самую концовку двойки, которая так заходит нормисам, придумал не Анно, а один из сценаристов. Мол, будет круто. если Рей спасут. Ну и Анно, не задумываясь, вставил сцену в сценарий. Что уже говорит о том, что к второй Еве он уже относился с безразличием.
https://www.gwern.net/docs/eva/2010-crc#yoji-enokido
А в тройке режиссер вернулся к своему старому концепту, хорошо знакомому по второй половине сериала, игнорируя рост Синдзи во втором фильме, сделанный видимо исключительно ради фансервиса.