С Кадзи случилась похожая фигня, потому что в изначальном драфте сценария 3.33 он был. Персонажа нужно было куда-то убрать, вот Анно и придумал с потолка героическое самопожертвование в центральной догме. Причём это ломает как бы всю суть лора, ведь Евы могут быть остановлены только Евами, а не обычными агентами и офицерами Nerv.
Да. Гэндо сам говорил в 3.0+1.11 что пилоты Аянами и Сикинами были созданы в угоду его проекта с тремя Ударами. Вот очередной клон и сыграл роль пешки, предположительно в него и был запечатан 12-ый ангел, как с Аской и 9-ым. Это тоже предположение, но более логичное. Вытащить оригинальную Аянами из Евы-01 никак не могли.
Аска клон неизвестного человека, а не гибрид Юи и Лилит, возможно поэтому не распылилась за все годы жизни. Но вся эта тема с клонами тоже притянута очень за уши.