Чем больше проходит времени после просмотра, тем больше мне кажется, что между спасением Синдзи из антивселенной и побегом взрослого Синдзи со станции произошёл обыкновенный таймскип.
Ведь если вдуматься, то в EoE между освобождением душ человечества и сценой удушения на пляже также произошёл таймскип. За который Синдзи воздвиг надгробия, а Аска вернулась к жизни из моря LCL и пришла к Синдзи.