По поводу конкретики и что произошло.
В кадрах с 13 евой видно, что вместо головы зефирной рэй стоит марк 6 (?), в котором сидел Каору в момент остановки 3 удара (в конце 2 части).
То есть судя по этому, и тизеру, он проник в догму и устроил комплементацию.
Так же, когда Гэндо разговаривает с монолитами, он называет их "существами, обладающими плодом мудрости", то есть людьми, а себя "существами, обладающими плодом жизни", то есть ангелами.
Если собрать это всё воедино получается, что ВСЕ, кто там есть - евы, принявшие человеческую форму после комплементации, которую устроил Каору. (либо его остановили, и это устроил кто-то другой.)
ps поправьте меня, если что-то не так.