Какое-то овер большое разделение души Аянами получается. Да и Син - адам - очень из пальца высосанная теория. Но это всё имхо, конечно. :/
Третий удар незаконченный произошел, когда первая слилась с ядром Зеруеля, ну а в том была душа Рей, которая, вроде как, и душа Лилит.
Раз уж Син в еве не нашел Юй, то, может быть так, что душа Юй перешла в Марк 06 или прямиком в Лилит, ну а Фуюцуки владеет лишь информацией овер 30-ти летней давности. Откуда ему знать, что могло произойти с душой Юй за это время? А вот Гендо, смотря на останки Лилит, произнёс:"Потерпи, Юй". На память время не помню, ближе к четвертому удару.
А на счет Рей(вроде, уже писал это):
Когда Сина вытащили из евы, Рицко сказала, что плеер Синдзи восстановился непонятным образом(этот плеер держал в руках силуэт Аянами во время неоконченного третьего удара. Также в течении всего фильма на плеере акцентируется внимание, а в конце Рей его поднимает. Думаю, это очень широкий намек со смыслом. Я думаю, что душа Рей 2 сохранилась в нем.