А куды девать такой ценный кадр? С собой возить - проблем многовато, просто бросить нельзя, Генда подберёт - проблем через край станет. Шлёпнуть - наиболее логичное решение для всего экипажа (кроме Мисато, Аски, Мари). Да и на Вундере Рей с Юи замурованы, так что Синдзи в мире ребилда только на борт дорога, если конечно, чтот неожиданное не всплывёт.
Ошейник не зря на него нацепили и детонатор Кацураги выдали. Похоже, из евы его достали благодаря Мисато, по её просьбе и под её ответственность (мол, хотела этого живым видеть - вот за него и отвечай). Ни для какого дела он не пригоден, и вообще, ходячий Апокалипсис. И толпам народа будет спаться спокойней, если его упокоят, только Мисато за его жизнь расшибаться будет, как в Энде.
Что и будет происходить в четвёртом ребилде.