Кадзи был убит третьей стороны, по заказу SEELE (Про третью сторону подтверждал сам Хидеаки Анно, про SEELE тоже намекал в интервью), с большой вероятностью это был один из связных Кадзи (Пол связного/убийцы тут даже не важен, а со старушкой в сериале он встречался вообще в Киото, она исключается, скорее всего она была связной от начального нанимателя Кадзи, в момент убийства, в сериале, силуэт убийцы нам не показывают, в манге так же он слишком абстрактный), так как он явно ждал убийцу в условленном месте встречи, где исключалась возможность появления кого-либо постороннего. Это был связной/убийца от SEELE, через которого Кадзи передавал им информацию, и так у каждой стороны был свой связной для координации с Кадзи, кроме NERV, там он лично докладывал Гендо у того в кабинете, постороннего там быть не могло в принципе, Кадзи сразу узнал исполнителя, и даже не удивился ему, у него даже не было удивления в голосе при встрече с убийцей, значит скорее всего он точно встречался с ним раньше и был готов к исходу последней встречи. Рицко и Мисато (Обе кстати знали, что он шпион, и достаточно долгое время) исключены полностью, у них в принципе не было мотивов это делать, даже по чьему либо приказу, Мисато даже не знала где он находится. Гендо не стал бы этого делать, тем более Кадзи всё таки вывел Фуюцки из SEELE. Для SEELE выходка Кадзи со спасением Фуюцки была последней каплей, на что есть намёк в разговоре с Фуюцки, во время его спасения Кадзи. Отдел разведки NERV также исключается, по крайней мере как таковой, так как они не знали где Кадзи (Да и работали сами по себе плохо, о чём упоминала Мисато), а сказали Мисато, что проблема решена, да ещё и до самого убийства Кадзи, так как он вернул Фуюцки назад и явно ушёл живым, плюс Фуюцки бы не допустил такого заказа от Гендо. Не исключено, что была какая-то связь убийцы SEELE с отделом разведки NERV, ведь SEELE всегда были сразу же в курсе многих нюансов происходящего в NERV (Ещё до официальных докладов от Гендо), кроме секретов Гендо, до которых мог докопаться только Кадзи, пользуясь своими связями с вышестоящими сотрудниками NERV, но Кадзи никакой особо важной информации лично SEELE не передаёт, а ведёт собственное расследование, пользуясь своим положением.
У Гендо, к слову, тоже был агент в сериале, который ставил палки в колёса военным с ихними разработками, чтобы от проекта "Е" не отказались в пользу других средств защиты, отличный пример с роботом, который чуть не взорвался вместе с Мисато, но этого в принципе бы не произошло, из-за чего ей не было запрещено провернуть такую операцию, ведь это только дополнительно укрепило позиции NERV.
В общем основной вывод:
1) Это не: Гендо, Фуюцки, Рицко, Мисато и не их основные подчинённые/коллеги, в этом вопросе можно ставить жирную точку!
2) Это обезличенный связной/убийца Кадзи, работающий на SEELE.
3) Кадзи знал убийцу лично, и ждал его в заранее условленном месте для встреч, где они уже по-видимому неоднократно встречались, возможно ему была назначена очередная встреча на этом месте, с полным исключением появления каких-либо посторонних лиц.
4) Кадзи знал чем эта встреча для него закончится и был готов к этому, не явиться на неё он не мог, потому-что его всё равно бы нашли, но перед этим могли выйти на туже Мисато, он выиграл ей время и таким образом защитил её, правда ненадолго... =(