Во-первых давайте рассмотрим ситуацию с точки зрения права.
Проводилась спец.операция. Штурмовали город-крепость Токио-3 и её цитадель-геофронт. Все, кто находился в геофронте рассматривались, как военные, пленных не брали. О пленных поподробнее
Если рассматривать НЕРВ как гражданскую организацию - то они неправы, т.к. персонал выходит - мирные люди. Но у НЕРВ есть вооружение, а главное - Евы. фактически, город - одна большая боевая машина, жители города - её экипаж, т.е. люди военные.
Прокатываясь по коридорам Геофронта спецназ разрушал машину изнутри, отрезая коммуникации, инженерные сети, убивая персонал. ничего преступного в этом не вижу, по крайней мереесли и обвинять - то не солдат, а тех кто разработал план.
Заметим, также, что оружие применялось конвенционное. (хотя кто его знает, какие конвенции были после второго удара)
Пилоты Евы-01, в данном случае- экипаж боевой машины огромной разрушительной силы. Убить пилота-наиболее простой обезвредить Еву. Синди тоже был военным персоналом НЕРВ. Только не в том месте он был. Фактически - дезертир. А что делают с дезертирами?