А что тут понимать?
Да убийство детей это плохо,да выстрелить в спину нехорошо,но есть принцип меньшего зла -
по твоему что лучше пусть умрёт трое дитей или все дети мра?
несколько безоружных или 3 млрд ни о чём не подозревающих.
Вот и всё, и чтобы после осознания пристрелить пилота или выстрелить Мисато в спину не нужно быть отморозком или козлом.
И не надо говорить у них же свою голова на плечах - конечна была иначе бы не поверили,а так им информация поступила из источника которому доверяют абсолютно и безоговорочно.Причём информация абсолютно истинная,как-никак,а надеюсь тебе хватит мозгов согласится,что не помешай ему Гендо устроил бы третий удар по своему сценарию