Мой ответ такой. Её допрашивали в 21 серии, потом отпустили за неимением доказательств. Но она то знала что шпион это - Рёдзи Кадзи. Пришла к нему навстречу, он её даже узнал, наверное хотел покаяться от грехов, но пуля из пистолета Мисато оборвала его жизнь. Кстати пистолет этот - "Compact 223" наверное звук совпадает. Пришла домой вся убитая. Смотрит на телефон. Там горит точка. Сообщение от Кадзи. Она его слушает и слышит последнее, предсмертное сообщение. И вся плачет. Но ведь долг превыше всего, ибо она была майором безопасности института "NERV". Это её прямо долг, устранить шпиона.
З.Ы. Как мать и как человек она была одной из лучших, яркая, но очень быстро погасшая жизнь. И все таки не надо было убивать Кадзи, все равно мир скоро рухнул...