Юй растворилась и в большинстве следующих случаев контролировала Еву. Развоплотилась.
А вот Киеко - с ней посложнее будет. Не удивлюсь, если душу (матрицу) Сорью-матери интегрировали в Еву уже посмертно. Каким-либо неимоверным образом, но думаю, это возможно.
А двинуться она могла от контакта с бездушной, исходной Евой ("Что за... что за чудовище мы воссоздали??"). Без души Ева - жестокое, безжалостное, бессмысленно кровожадное чудовище. До такого дотронуться - дьяволу не пожелаешь! Не то что бедной ученой, не осознавшей масштаб эксперимента, в котором она участвовала.
Вообще, все довольно бездоказательно в таких разговорах. Это один из вопросов НГЕ, вроде "Кто убил Кадзи?". Полная недосказанность.