Тут сошлись несколь факторов: мать "умерла" на глазах Синдзи, всё равно какие-то остаточные воспоминания есть (если учесть, что многие помнят себя приблизительно с трёх лет), хотя Синдзи как раз очень мало заморочен на маме, больше на отце. Если бы отец бросил и вообще исчез с горизонта без дальнейших появлений или так объявился лет в двадцать-двадцать пять, то Синдзи бы и думать о нём забыл... Но отец объявился как раз в "переходный" для юноши период 14 лет. Тут и ненависть к отцу, и злость на него, и обида, и страх (отца он действительно боится), и при этом желание быть замеченным и полезным для того самого единственного родного человека (Син осознаёт родство). Плюс, Синдзи помнил отца в том самом детстве, пока не "умерла" мать, следовательно он для него всё равно не "дядька с улицы".
Для желания пойти наперекор у Синдзи не тот характер. Это забитый мальчик с кучей комплексов, как детских, так и подростковых, который сам не знает, чего хочет.