А вот здесь вы ошибаетесь по матчасти, так как новую информацию до Синдзи всё-таки донесли. Если конкретно, то от Кадзи он узнал про то, что "если Ангел войдёт в контакт с Адамом" - всем будет очень и очень плохо. Т.е. в свете новых фактов позиция Синдзи изменилась. В худшем случае, он готов был бросить на произвол ангела Токио-3, но всем человечеством жертвовать не хотелось. Факты изменились - изменились и решения.