Предположения и догадки, оставались догадками и предположениями. Приказ - есть приказ. А уж выйти на уровень SEELE спецназовцу даже в догадках не могли.
Насколько я помню, у них не было приказа брать в плен кого-либо. В конце концов, неизвестно, что могла выкинуть служба безопасности Нерва.
Он - сотрудник Nerv. Фактически вооружённый Евангелионом.