Во первых Ева-04 могла быть первой из беспилотных Евангелионов с собственными S-2 двигателями.
Во вторых запуск Евангелиона мог проводиться не до конца, просто могли запустить S-2 двигатель, чтобы проверить: есть-ли питание в электрических цепях или нет? Помнишь серию, когда Фуюцуки впервые приводят в Gehirn, и там он видит кисти и голову будущей Евы-00: всё что было на тот момент сделано. Скорее всего были произведены многочисленные эксперименты, чтобы в конце концов начали двигаться пальцы рук; камеры установленные в голову Евы-00 наконец-то стали передавть информацию на монитор; и т.д. и т.п.
Я это всё к тому, что прежде чем пилот сядет в контактную капсулу, скорее всего, должна пройти уйма пробных предварительных запусков и экспериментов, которые могут не иметь ничего общего с последней задачей в приведении Евангелиона в боевое состояние: непосредственной синхронизации пилота и Евы.