Считаю, что Ребилд 2.х сравнивать с оригинальным НГЕ будет неправильным. Это разные истории с разными сюжетами. Уже с первой части началось - переезд Лилит этажом выше, осведомленность Мисаты не только об наличии Лилит вообще, но и о том, что это Лилит, а не Адам, да еще и Синдзи это выдает. В 2.х же отличий набирается практически весь фильм. Проще перечислить, что осталось, чем что изменили: старая битва с Сахакиилом, весьма похожая битва с Бардиилом, немного похожая битва с Зеруилом. Всё.
Герои, естественно, изменились. Равно как Анно на момент съемки Ребилда вышел из затяжной депрессии, так и сеттинг Евы изменился вместе со своим режиссером. Синдзи менее заторможен, Рэй менее закуклена, Аска менее стервозна. Несмотря на это, глубина и психологичность не страдают ни в какой степени. Нам показывают, как эволюционирует Синдзи от "от меня ничего не зависит" первой части до "я смогу и сделаю" второй части. Нам показывают, как Аска преодолевает свой комплекс неполноценности и признает, что человек - существо социальное, нам показывают приобретение Рэй черт обыкновенного тинейджера. Все это есть. Естественно, изменения происходят в ударном темпе, но того и следовало ожидать из-за формата фильма.
Что касается сеттинга - да, он тоже изменен. В Ребилде Второй Удар был, если можно так сказать, "сильнее". К примеру, Синдзи даже и не представляет себе живого водоема, ибо родился после ВУ, в то время как в оригинале в Мертвое Море превратилась только Арктика. Скорее всего, это сделано для подчеркивания идеи - у человечества нет будущего. Экосистема планеты подорвана очень сильно, восстановить ее или очень сложно, или совершенно невозможно. В оригинальном сериале весьма нечетко просматривается т.н. тупик эволюции, здесь же он более заметен.
Тайн, опять же, хватает. Что за ключ Навуходоносора? Почему Еву Каору надо было хранить на Луне? Что за саркофаги? Почему SEELE настолько явно спускают в NERV Ангела? Куда делись все их оригинальные конспирации?
В Ребилде все организации одновременно играют как более открыто, так и более законспирировано. С одной стороны, невнимательному зрителю покажется, что слишком много выставлено наружу - как та же Лилит. С другой стороны, необъяснимых явлений вводится больше, чем в оригинальном НГЕ. И это естественно, ибо ловить зрителя в одни и те же ловушки второе десятилетие подряд было бы недостойно Анно.