Так. Расставим все точки над ы. Сохранение в jpg не зависит от программы где происходит сжатие - везде это перевод в YCbCr с разбиением 8х8 и квантованием под алгоритм Хаффмана.
Некоторые проги вроде той же ACDSee могут перед сохранением хитро обрабатывать пикчу, оптимизируя её под жопег блюром и/или лёгким медиановым фильтром. Но! то же самое можно гораздо успешнее проделать и в шопе, подробнее тут: 1, 2, 3.
Считайте за упрямство, но без доказательств ничему не поверю: берём исходник, накладываем на пересжатую пикчу методом difference, вытягиваем контраст эквалайзом - и вот она, разница!)