Неудавшийся эксперимент, в котором погибла Юи, скорее всего не удался согласно ее плану. Учитывая, что это послужило первопричиной появления Рей на свет, вполне возможно, что да, она предпологала и это последствие. Правда, я не совсем уверен, каким образом она планировала "выгнать" душу Лилит от совмещенных Евы-01 и тела Лилит, но именно это и произошло в итоге в результате попыток воссоздать Юи заново, предпринятых Гендо. На это намекает эпизод с открыткой.
Я так же не думаю, что она планировала наличие многочисленных клонов Рей. Скорее всего, это была независимая идея от SEELE, когда они начали разрабатывать систему Dummy Plug'ов и вряд ли Юи могла предвидеть это.