На мой взгляд, единственной состоявшейся "парой" в ребилде можно назвать только отношения Мисато и Кадзи, так как все остальные представленные варианты либо в принципе не состоятельны , либо по тем или иным причинам не прошли проверку временем.
Под не прошедшими проверку временем, но имеющие большие шансы на восстановление, попадают текущие взаимоотношения Синдзи и Рей (на момент окончания третьего ребилда - стадия "в глуши, во мраке заточенья тянулись тихо дни мои..."), и я не жду от ребилда чего-то сверхоригинального в решении данного вопроса. Действительно, создатели, намеренно или нет, ещё с первого фильма давали понять зрителю, что будут способствовать постепенному сближению этих двух персонажей ("Теперь я сведу его поближе с Рей, всё идёт по плану" (с) Гендо Икари). Данная тенденция соответственно прослеживалась во втором и отчасти в третьем фильмах серии и, если в головах создателей замысел в корне не поменялся, их отношения всё-таки должны преодолеть вставшие на пути трудности и достигнуть кульминации в финальной картине ребилда (последовательная смена стадий с "и вот опять явилась ты" на "и сердце бьется в упоенье...").
Если опираться на личные предпочтения, то неподдельный интерес вызывает вариант развития взаимоотношений у Синдзи и Сакуры (на них я был бы даже не прочь посмотреть), так как, во-первых, она помимо Каору является единственным персонажем третьего фильма, кому на Синдзи действительно не наплевать, и во-вторых, здесь могут также сыграть старые дружеские отношения Синдзи с её старшим братом. Но, опять же повторюсь, на подобные вещи в ребилде я не надеюсь - слишком уж фантастично будут они выглядеть в контексте уже известной нам истории.
Честно, пусть хоть с чёртом лысым встречается, лишь бы его физиономия соизволила таки появится в последнем фильме.