Знаю, вариант маловероятен, но выскажу.
Увидев Икари младшего, из одежды на котором только больничное одеяло, она испытывает физиологический интерес (здоровая 14-летняя девушка все же). Но при этом эмоционально она чувствует некий негатив (его слова о недоверии к Гендо, да и вообще, прищел к ней в квартиру, уронил, хватал за всякие места). Таким образом, чтобы не чувствовать внутренний конфликт, просит его прикрыться (когда она это произносит, она даже не думает отворачиваться). Возможен такой вариант?
А нормы морали, думаю, Рей знает, но, как писал Капеллан, не считает нужным им следовать без веской причины. Так что она вряд ли не поняла бы, что такого в том, чтобы спать на одной кровати с человеком противоположного пола, как пишут в некоторых фанфиках.