Ну это конечно не факт, скорее всего она просто в большом (но не критичном) упадке. Человечество явно никуда не делось, ибо не похоже, чтобы тот же wille был достаточно самодостаточен, чтобы оставаться в полной автономии больше чем на полгода.
Но да, я тоже сомневаюсь, что Синдзи будет ходить в школу в привычном нам смысле. Могут быть только индивидуальные занятия, а то и вообще самостоятельные, по готовой программе.