Учитывая, что всё это находится ни где-нибудь, а в Центральной Догме, события с Ангелом и Евой-06 происходили прямо при Гендо. А произошло всё наверняка спонтанно, равно как и с Зеруилом, Евой-01 и Рей, а Гендо дальше уже придумал, как их можно использовать.