Как я уже высказывал своё предположение
Элементарно хотя бы потому что Гендо слишком не любил своего сына. Да и зачем он нужен, если есть Рэй и Ева-00, а Ева-01 считается неспособной к запуску?
А о том что Синдзи теоретически всё таки может попытаться синхронизироваться с Евой-01, вспомнили только тогда, когда после внезапно сломавшейся Евы-00 и чуть не убившейся Рэй не осталось больше никаких других вариантов, а хоть что-то делать надо было.
Как вариант, нельзя исключать вариант того, что Гендо намеренно до поры-до времени скрывал от SEELЕ существование пилота и возможность запуска Евы-01 ввиду одному ему известных причин.