В одной из серий Рэй(2) находится в аппарате "копирования", который занимает окружен резервуаром с "заготовками" для Рэй.
А значит, ее ментальное состояние (душа?) как-то сохраняется. А сохраненное можно и скопировать.
Тогда в 00 - копия души Рэй (которая могла быть помещена туда уже после смерти Юи и других доработок техники копирования душ)
Юи, проводя эксперименты по созданию Ев, могла понять, что без души они не работают. А вот с душой человека, очень близкого пилоту, работают.
Тогда она могла сознательно пойти на перенос своей души в 01 (осознавая необходимость создания Ев и непонятки с временем очередных атак ангелов)
Киоко, так же участвуя в проекте, все это тоже могла знать. И соответственно могла пойти на копирование.
Ева 02 создавалась позже 01, технология копирования уже могла быть разработана, но не отлажена до конца (судя по результату)
03-04: О 04 и ее пилоте ничего не известно, а вот 03...
У Тодзи тоже нет матери (намек на то, что она так же пожертвовала душой?)
В дальнейшем, техника копирования "доводится до кондиции" и уже не надо жертвовать матерями..