Искать логику смысла нет в фильме.
Ладно, сама расщелина закрыта хитропопым полем. Но раз Кайдзю отслеживали (и успевали привезти Егеря в нужное место), то наверное пустить в тушу торпеду с парой десятков килотонн можно было.
Или это альтернативная вселенная, где внезапно нет ядерной бомбы, а только ядерные реакторы, которые гениальные герои догадались перегрузить в конце фильма?