Наверное - потому, что по версии NGE то что было пересажено в Рэй не содержит памяти и чувств, но наделило её жизнью, а что то наделяющее жизнью и не несущее не какой информации называется иноти(жизнь) возможно вместе с тама(душой, духовной жизнью), если бы у Рэй была кокоро(личность) Лилит она бы и была Лилит независимо от оболочки и обладала бы всеми её воспоминаниями знаниями и пр., а мы этого не наблюдаем до ЕоЕ когда они слились. Зато имеем неспособною шивилится Лилит, что как бы подтверждает теорию о том, что жизненную силу у неё и забрали.
Тама, иноти и кокоро, повторюсь это разные вещи, кокоро это как раз и есть личность(память и чувства), например кокоро Кьёко оказалась в еве-02, а жизнь, иноти или скорее иноти+тама заставив существовать тело осталась жить.
Высшие качества перешедшие к Рэй от Лилит это способность АТ-полем управлять, посылать фантомов и по снам лазить.
Как Лилит она не разу не проявлялась, только физически, фантомов там создавала, как то в пустое тело после гибели переносилась и АТ-поле развёртывала. В том, что касается личности - Рэй на 100% человек с самого начала(уверен), но она чувствовала в себе, нечто чуждое(кусок Лилит) и боялась этого, я может быть был неправ назвав это всё конфликтом, это скорее был просто страх и непонимание с её стороны.