Кагбэ объяснить... ммм...
Лично я, т.е. это моя ИМХОшенька, понимаю так:
Если Каору воссоединится с эмбрионом Адама, то он перестает быть 17-м ангелом Табрисом, и становится Адамом.
Тоже и с Рей, после того как она воссоединилась с Лилит, Рей "умерла" зато повилась Лилит, которая тем не менее получила какую-то память от Рей.
Ну или Сину было так удобней видеть Рей вместо незнакомой Лилит. Т.е., возможно, Лилит подстроилась под Сина.
Пример, вот это: (хоть это и из другого произведения, но по смыслу подходит)
Думаю к каждому приходила Лилит, в образе желанного человека, чтобы либо чувство любви, или страха (в случаи с Рицко) обрушить АТ-поле людей и расплавить их в ЭлСиЭл-желе.
Кстати кто-то заметил что в ЕоЕ Сина сначала напугала "Рей", затем успокоил "Каору", после чего тот и был расплавлен и поглощен с Евой-01, в то время как в 90-й гл. манги его просто напугала "Рей", и он сразу же растаял в Еве...?