Вообще если подумать то Гендо пытался заставить Рей испытывать эмоции только по отношению к нему самому. Это объясняет почему Рей не принужденно улыбается Командующему но делает лицо кирпичем перед всеми остальными. Если подумать то как Рей проводит свое свободное время? Подозреваю что большую часть времени она плавает в колбе с оранжевой жижей под присмотром Рицко и единственный человек с которым она общается, единственный объект который взаимодействует с ней - это Гендо. А помните в какой квартире она живет? Сплошная серость глазу не за что зацепиться.
Я думаю Гендо является самым ярким объектом в мире Рей отсюда такая привязанность к Командующему. Единственная проблема заключается в том что привязанность безответная ведь для Командующего Рей просто инструмент не более. Возможно в этом и кроется причина почему она выбрала Икари-младшего а не Икари-старшего. Синдзи похож на своего отца гораздо больше чем сам Гендо хочет видеть, но при этом Синдзи искренне сопереживает Рей она важна для него просто как человек, и поэтому, в конечном итоге, Рей выбирает именно сына, а не отца