Не думаю, что тренировки Аски имели какой-то смысл кроме "привыкания" к синхронизации. Бой с настоящим Ангелом в реальных условиях - это совсем не то, что нам демонстрировали во время краш-курса с Синдзи. Таким образом, весь опыт Аски сводится к ее % синхронизации, который у Синдзи был высок изначально. Это раз.
Во-вторых, в управлении Евой главное - стать как можно больше похожим на оную, т.е. отбросить налет "этикета", моральности человека цивилизованного, или же попросту не вмешиваться в процесс. Как только Евой начинает управлять чистое Ид без участия Эго или Супер-Эго, достигается максимальная эффективность, как нам показано на примере с Бардиилом и активацией Псевдопилота (а еще ярче - с Зеруилом). Синдзи не склонен к проявлению контроля за Евангелионом, он держит Зверя на более длинном поводке, если оный вообще имеется. Аска же наоборот, относится к Еве как к заводной кукле, и подавляет ее Ид.
Таким образом, никакой Пилот не может надеяться сравниться с Евангелионом, действующим самостоятельно, а раз Синдзи более склонен "отпускать" свою Еву - он и является лучшим Пилотом. В конце концов, нам никто никогда не говорил, что работа Пилота - двигать ногами и руками Евы. Пилотирование - комплексный процесс, более похожий на управление боевым конем, чем на вождение танка.