Могу смело предположить, что они уже закончены, а их строительство началось еще в 2.22 или в конец 2.22, в 14-тилетний промежуток.
Еще с первого фильма можно догадаться, что НЕРВ и Зиле к событиям 3.33 готовятся: в начале первого фильма - силуэт одного из Адамов посреди городских развалин, возможно, будущий Марк-09; во втором фильме Кадзи передает Гендо зародыш, метафорично называемый ключом Навуходоносора, возможно, это будет будущей Евой-13, выращенной за 14-ти летний промежуток.
По-моему, он винил его в том, что удар был инициирован им. Ну, а так и ежу понятно, что Синдзи его вызвал, хоть и не специально.
Только вот тогда выходит одна главная, по мне, нестыковка - какая-то людская техника, те же евы как вариант, должна была отстроить новую штаб-квартиру Nerv, с перевернутой пирамидой на башне (как в "Наде с загадочного моря"), но не на месте же безжизненной пустоши с руинами они могли работать. Не говоря уже о том, что в старом штабе Nerv валялось много заброшенной военной техники, причем даже в Конечной Догме с Лилит (вертолет). Так что я считаю, что Третий Удар был продолжен уже после Синдзи, а он был потом попросту обвинен как тот с кого все это началось, имхо.