Предлагаю (второй раз) следующую версию, объединяющую обе стороны.
1. Сцена на кухне была в реальности, но в реальности Синдзи никого не душил.
2. В реальности Синдзи наверняка очень хотел что-то сделать с Аской - но не сделал. Они просто очень сильно поругались, после чего Аска ушла.
3. В EOE показаны воспоминания Синдзи, Аска в этом месте скорее всего сторонний наблюдатель. И он в этой "прекции воспоминаний" в конце делает с Аской то, что хотел, и, поскольку здесь не реальность, а Аска в данной сцене - не более, чем его воспоминание, то и законы физиологии распространяются весьма условно.
4. То, что вокруг все очень реально, говорит о том, что вещи, связанные с этим событием, очень сильно впечатались в память Синдзи.