Всё же нельзя забывать, что все характеры в Еве несколько гипертрофированы.
Гендо представляется как жестокий отец-эксплуататор. Синдзи- брошенный бесхарактерный сынок, мечтающий об одобрении (не путать с Удобрением!).
Причина холодности между отцом и сыном довольно понятна: за десять лет разлуки они просто отвыкли друг от друга и не знают, как общаться. Основываясь на том, что они кровные родственники, герои ищут связь, которая должна существовать между членами семьи. Однако такая связь создаётся лишь между людьми, которые живут под одной крышей или, по крайней мере, постоянно контактируют: общность быта, радостные или печальные моменты, пережитые вместе. У Синдзи и Гендо таких моментов не было 10 лет.
Даже после встречи Гендо относится к Синдзи с холодностью, не подпускает близко. Возможно, причина такого поведения - бессознательная забота о сыне, да и о самом себе, попытка избавить от возможного страдания. Со стороны Синдзи: человеку, которому некого терять умереть проще (из опыта неудачного самоубийства), ну, или пожертвовать собой ради человечества, говоря о Гендо: нелегко послать человека на смерть, тем более осознавая, что это твой сын, ещё труднее, если близок с ним.
Все предметы связанные с матерью, по сути, соединительным звеном между Икари - отцом и Икари - сыном были намеренно уничтожены Гендо. Это можно рассматривать как стремление избавить душу Юй от всего бренного, но и как ревность и эгоизм со стороны Гендо: "Я все храню в своем сердце. Этого достаточно." Он не хотел делить Юй ни с кем. Даже с сыном. Впрочем, за Юй он решать не мог: душа матери, заключенная в Еве-01 заботилась о ребёнке.
Я думаю, Гендо не любит Синдзи не потому, что бармалей бесчувственный, а потому что их связь отца и сына разорвана. Возможно, в условиях реальности созданной в Евангелионе восстановление отношений между ними не только не добавила бы успеха операции, но и могла бы ухудшить результат.