Да это что угодно может быть.
1) Может, это устройство для повышения синхронизации которым щеголяли в "перенастроить системы Первой на <pilotname>!".
2) Может, его вставили обратно, пока мы смотрели фансервис про переодевание Мари. Кадзи помог?
3) Может, это и вправду вытащили ядро. Без активации его С^2 ("пробуждения") и отсутствия родственной души оно всё равно бесполезно. Если резидентная душа действительно там, то его удаление было только на руку Мари. Может, она синхронизируется напрямую с телом без посредства резидента, как Каору, у неё кстати и режим отрицательной синхронизации отлично получился, механическая синхра - её конёк и в 5-й Еве. С Каору и в принципе ещё одна схожесть - тот в НГЕ говорил что "душа этой Евы закрылась", так тут, может статься, её вообще не было в тот момент.
З.Ы. Заметил на флешбеках воспоминаний Мисато про Второй Удар Чёрную Луну в момент взрыва. Лилит, выходит, при делах была, а про Адама что-то вообще не слышно, вместо него Ключ... куда-то это всё катится, мм.