Уж в отношении Юи в 01 домысливать ничего и не приходится. То она отвергает псевдопилот и требует Синдзи (ога, ога, именно она, Гендо к ней обращается), то Гендо, разговаривающий с 01, но обращающийся снова явно к Юи. Ее разговоры о том, что она хочет окопаться в Еве, ибо там безопасно, сухо и комфортно, являются косвенным свидетельством, но в свете предыдущих случаев достаточно существенным. Не, конечно, если специально плодить лишние сущности, то можно объяснить это сумасшествием Гендо, проявляющимся строго в определенные моменты, или принципиальным желанием соврать всем вне зависимости от целесообразности, но если этого не делать, то трактовка событий достаточно однозначна.
А о связи Рэй с Лилит и спорить не приходится. Просто клонирование тут ни при чем. Рэй обладает душой, ранее принадлежавшей Лилит. А о происхождении тела ничего не известно.