Логическая цепочка: жители потихонечку сваливали еще с нападения первых ангелов, только Токио-3 - город режимный, так что многие жители там - рабочие и служащие НЕРВ, которым так просто свалить нельзя. В любом случае, после самоуничтожения Рей-2, большая часть города была разрушена (вместе с жителями), так что все незанятые люди, кто еще остался, собрали манатки и уехали в более спокойные края. Взрыв армейской N2 бомбы вскрыл Геофронт, окончательно стерев Токио-3, но в любом случае, если там кто-то и умудрился выжить, все погибли во время восхода Черной Луны, вместе со спецназом.